Mitokondria berperan dalam proses respirasi aerobik di dalam sel. Respirasi sel akan menghasilkan energi. Sel-sel yang aktif memiliki jumlah mitokondria lebih di dalam sel. Misalnya, pada sel otot memiliki mitokondria lebih banyak dibandingkan sel tubuh lain karena sel-sel otot memerlukan energi lebih banyak untuk dapat menjalankan fungsinya sebagai alat gerak aktif, yaitu menggerakkan tulang. Makin banyak mitokondria, makin banyak proses respirasi, dan itu juga berarti makain banyak energi (ATP) yang dihasilkan.